Testamento y muerte
Fechó su testamento ológrafo en París el 23 de enero de 1844, dejando como única heredera a su hija Mercedes de San Martín, casada con Mariano Balcarce quien se desempeñaba como embajador argentino en París.

Entre sus cláusulas establecía:

Que Mercedes otorgue a su tía María Elena una pensión hasta su fallecimiento.
Que a la muerte de María Elena le otorgue una pensión a la hija de ésta, Petronila.
Que su sable corvo favorito, el de las batallas de Chacabuco y Maipú, fuera entregado al gobernador porteño Juan Manuel de Rosas, «como una prueba de la satisfacción que, como argentino, he tenido al ver la firmeza con que ha sostenido el honor de la República contra las injustas pretensiones de los extranjeros que trataban de humillarla».[17]
Prohibió la realización de funerales y de acompañamientos hasta el cementerio, «pero sí desearía que mi corazón fuese sepultado en Buenos Aires».
Declaraba como su primer título el de generalísimo del Ejército del Perú.
En marzo de 1848, al estallar la revolución de ese año en París, se traslada a la ciudad costera de Boulogne-sur-Mer, estableciéndose en una habitación alquilada. Allí falleció a la edad de 72 años, a las tres de la tarde del 17 de agosto de 1850, en compañía de su hija Mercedes y de su yerno. Según cuenta la leyenda, el reloj de la casa dejó de funcionar a esa hora y aún sigue marcando las 3 en punto. Casualmente, en el mismo país donde murió San Martín, Francia, moría Honoré de Balzac, un día después.